相对于银行保理，商业保理更具灵活性和创新性，能够开发适合中小企业的业务品种，满足融资要求；可专注于某个行业或区域，在深入了解行业和区域特点的基础上，提供有针对性的服务；有助于盘活中小企业流动资产，有效缓解周转资金问题。商业保理是中小企业快速发展阶段的融资和风险转移渠道之一。
保理业务作为商贸领域的综合性金融业务，不单纯服务于企业的上游市场，同一个企业的下游供应商也是保理业务的服务对象，商业保理机构根据企业的具体情况，提供不同的个陛化服务。参考外国成熟的行业经验，商业保理公司对于企业资售隋况的审核，往往不是根据其披露文件的数据，而是根据企业在商业信用销售领域以往或即期记录，其结果就是保理商受让应收账款后，债务方通常又是另一单保理业务的债权人。所以，保理商就对企业的销售渠道上游具备了控制能力，其表现在，当对应收账款进行追收时，A单业务的应收账款由B单业务对偿。这样的结果既保证了商账追收的合法性，又保障了保理商手中的应收账款回收的可控性。
目前我国商业保理通常有两种运行模式， 一种是由卖方发起的保理，其目的是对资金来源加以掌控。而这种保理模式控制流程与银行保理一定相似性，尽管保理商会对卖方信息进行核定，但却不能充分确保每个买方均有支付意愿及能力，据此，为消除个别买方存在的不确定性，保理商就必须从其他买方回款中来确保账款自偿性，以平衡或抵消个别买方的损失。 第二种模式则是由买方发起的保理，这种保理模式在银行十分常见，很多银行称之为“反向保理”，这种模式比较容易控制银行款的风险，不仅满足了中小企业短期资金的需求，增强了中小企业的生产稳定性和品质保证，而且有利于整个供应链的持续运作和价格竞争力。
商业保理业务的基础是企业的履约能力，考核企业的履约能力的基础又是建立在企业之间真实交易的基础之上。所以，商业保理业务是目前推动商业领域信用体系建设的途径。发达的社会主义市场经济就是信用经济。我国正处在经济转型期，国内商业领域信用体系建设势在必行，作为该体系建设的有力方式之一，社会需求决定商业保理应当尽快在我国推行。明确的社会价值，准确的社会定位将是商业保理行业发展的前提条件之一。