在功能分区上，综合来说主工艺流要根据工艺步骤和各工序的物特点进行功能分区，如细胞库区、工艺细胞库配置区、种子库、工作种子库制备区、原液区、纯化区，包装区等，并且要考虑不同的洁净级别，也是考虑不同的洁净级别区域划分布置的问题，还有就是产品有/性、细胞活性/非细胞活性、灭活/非灭活等情形进行一下分区。
一次性系统的应用，生产中如使用一次性反应袋、储液袋等产品，这些产品的使用减小了设备间的占地面积，增加了空间利用率，减小了曝露的机会，同时也减少了清洁操作，更加有利于交叉污染的控制，没有了清洁操作就间接增加了生产时间，房间利用率增加了减少了清洁验证的负担。
①温度和湿度
根据药品生产要求，并保证药品的生产环境和操作人员的舒适感。A级和B级洁净区
温度20～24C，相对湿度45%～60%。有的工艺和产品有特殊要求，如粉剂产品有吸湿性，CEIDI西递降低相对湿度控制值；生物制品的质量受温度影响较大，对温度实施严格限定。
物料净化方面依据以下原则：
1、医药洁净室的原辅料、包装材料和其他物品出入口,设置物料净化用室和设施。
并在岀入口设置供物料、物品用的室和设施。
2、物料清洁室或室与医药洁净室之间设置气锁或传递柜，气锁的静态净化级别与其相邻高级别医药洁净室一致。
3、传递柜密闭良好,易于清洁。两边的传递门设有防止同时被开启的措施，传送至无菌生产洁净室的传递柜设有相应的净化设施。
4、医药洁净室产生的废弃物设有传出通道，易产生污染的废弃物设置单独的出口，具有活性或毒性的生物废弃物灭活后传出。