把保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
委托人与受益人之间基于彼此签订的合同而产生的债权债务关系或其他权利义务关系。此合同是它们之间权利和义务的依据，相对于保函协议书和保函而言是主合同，他是其他两个合同产生和存在的前提。如果此合同的内容不，会给银行的担保义务带来风险。因而银行在接受担保申请时，应要求委托人提供他与受益人之间签订的合同。
见索即付保函具有独立性。虽然担保人是依照基础合同的一方当事人申请，向基础合同的另一方当事人作出见索即付的承诺，但一旦见索即付保函生效，担保人与受益人之间的权利义务关系就完全以保函中所记载的内容为准，而不再受基础合同的影响。只要受益人按照保函的要求提交了索赔文件，担保人必须付款。担保人不得主张先诉抗辩权，也不能以基础合同的债务人的抗辩理由来对抗受益人。即使基础合同的债务人已经履行了合同义务或者基础合同已经因其它原因中止，担保人的责任也不能随之解除。只有在保函本身的有效期过后，担保人才能解除担保责任。相反，通常使用的保证合同具有从属性，主合同无效，作为从合同的保证合同亦无效。
根据代位求偿权而形成的追偿权。代位求偿权是保证人根据保函的规定履行保证义务后而取得的受益人依基础合同对委托人所拥有的一切权力。代位求偿权除基础合同权利外，还包括受益人所拥有的各种担保物权或对同意为被担保人的债务承担责任的其他人的追偿权，如在委托人的财产上设立的担保物权和由第三人以保证或其它担保方式提供的各种担保权益。