履约保证金的结算包括返还、抵扣或没收等问题。一般来说，履约保证金在中标人履行合同后应予返还，但实践中，招标人与中标人通常会约定根据工程进展程度分阶段返还或在工程竣工后一次性返还，有的还规定以抵扣或没收履约保证金作为承担违约责任的方式之一。笔者认为，合同和法律没有规定的，不得抵扣或没收。对于抵扣或没收情形应限制在施工单位在施工工期、质量或者等违反合同约定应承担违约责任等范围内。在当事人既约定了履约保证金又约定违约责任条款的情况下，依照合同法百一十六条规定：“当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，双方可以选择适用违约金或者定金条款。”以及百零七条的规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”履约保证金作为中标人承担违约责任的担保，如果中标人没有及时承担违约责任，履约保证金可作为招标人损失的弥补；如果中标人承担了相关责任，则招标人应在合同责任解除后退还全部的履约保证金。
履约保函办理程序
·申请人向银行申请开立保函并提供有关资料；
·银行进行调查、审查；
·签定协议，落实保证金或反担保；
·开立履约保函。
商业保函性质
1、是独立于委托人与担保人之间的反担保或委托人与受益人之间的合同或投标条件之外的。
2、是依据其规定的条件生效的，由担保人以保函中规定的任何单据为基础做出决定的。
3、是不可撤销的。
投标保函
是指投标人（申请人）作出保证，在投标人报价的有效期内，投标人将遵守其诺言，不撤标、不改标，不更改原报价条件，并且在其一旦中标后，将按照招标文件的规定及投标人在报价中的承诺，在一定时间内与招标人签订合同，如投标人违约，银行将在担保额度的范围内向招标人支付约定金额的款项。该金额数通常为投标人报价总额的1%-5%不等。