资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
提交主体：投标保证金由所有投标人提交;履约保证金仅由中标人提交。
保证金的期限：投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交;履约保证金应在签定正式施工合同前提交;投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天;履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
商业保函与银行保函的因素
签发者: 商业保函是由商业公司或保险公司签发的，银行保函则是由银行签发的。
保证内容: 商业保函主要是对货物交付的保证，而银行保函主要是对债务偿还的保证。
保证范围: 商业保函的保证范围比较灵活，可以针对特定交易、地域或商业关系；银行保函通常是对整体债务的保证。
保证效力: 商业保函的效力可以通过保险公司的信用评级来评估，银行保函则受银行的信用评级影响。
权利义务: 商业保函一般不涉及银行的财务责任，银行保函则是银行承担的保证责任。
这些因素需要根据具体交易情况进行考虑，并结合客户的需求来选择适合的保函类型。
适用范围
1、适用于工程承包、供货安装等合同执行进入保修期或维修期、业主或买方要求承包方、供货方良好履行保修义务的情况。
2、在工程承包、供货安装等项目进入保修期或维修期后，业主、买方为避免工程、货物的质量与合同规定不符，而承包方、供货方不愿或不予进行修理、更换和维修，造成自身损失，往往要求承包方或供货方在履约保函期限届满前提供质量保函，对其在保修期内的行为进行约束。