北京301医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖22项，国家发明奖3项，军队科技进步一等奖21项。医院承担“973”、“863”等各类课题800多项，在中国国内、国际公开发表的论文总数和国内论文被引用次数连续4年居全国医院之首。
令狐恩强率先定名完善消化内镜隧道技术，模糊了消化内外科的界限，替代了一批传统外科手术；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代长期存在以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向。
令狐恩强从事消化病及消化内镜研究、临床、教学及保健工作，紧贴临床一线进行技术与理论创新。他提出的疾病分类、分型，被多个学会采纳写入指南。他定名和完善的消化内镜隧道技术，打破了传统内科和外科的界限，将一些原本由外科手术治 疗的疾病转为内窥镜下，且创伤极小、术后恢复快、费用低、疗效显著；他在消化管道深部脏器损伤治 疗方面处于世界领 先水平。
北京301医院消化科令狐恩强擅长消化内镜的诊断与治 疗:除常规的胃肠镜诊断与治 疗外,在以下方面具有丰富的内镜诊治经验:(1)食管良性狭窄、食管癌:(2)食管胃底静脉曲张的硬化剂、套扎器、组织胶注射治 疗;(3)内镜下胰胆管疾病的诊治:胆管结石、胆管癌、胰腺癌、胰腺炎、内镜下胰胆管腔内超声、经皮经肝穿刺与内镜下对接治 疗恶性胆管狭窄、十二指肠乳头肿瘤内镜下切除术等胰胆管疾病的内镜下诊治:(4)贲门折叠术治 疗胃食管反流病。