曾学军教授参与了国内目前所有关于痛风和高尿酸血症指南的制定工作， 2013 年牵头制定了《高尿酸血症社区管理规范草案》，2018年11月在中华全科医师杂志上发表修订版《高尿酸血症社区管理流程的专家建议》，2020年4月再次牵头制定《痛风及高尿酸血症基层诊疗指南》。
近年来，得益于国家对风湿免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撑计划/863项目、自身免疫性疾病新药临床评价研究技术平台科技重大专项、卫计委行业科研专项等支持下，以北京协和医院牵头，联合全国近800家风湿病诊治中心，已初步形成系统性红斑狼疮研究协作组（CSTAR）和国家风湿病数据中心（CRDC）的研究网络，成为国内的风湿病研究协作组织，创建了中国风湿病信息数据库、生物样本库（CRIP）和规范化培训和多学科交流平台（CREP），启动了中国风湿病学界的多中心协作研究，发布了中国风湿病学界的规范化诊治共识。
北京协和医院风湿免疫科被业界称为中国风湿病学科的“黄埔军校”。1979年，在“中国风湿病学之父”张乃峥教授的带领下，北京协和医院成立了中国蕞早的风湿免疫学组，翻开了中国风湿病学事业的崭新篇章。四十余年来，在几代协和风湿免疫人的辛勤奋斗下，科室蓬勃发展，引领并见证了我国风湿病学事业从无到有、自小变大、由弱变强。
2020年8月，北京协和医院风湿免疫科实验室完成了靶抗原特异性标志物的全部项目方法学升级，由传统手工、批量操作、定性检测的酶联免疫吸附测定（ELISA）升级为全自动、实时进样、高通量、定时检测的化学发光检测方法，可检测自身抗体60余种。这也是国内三甲医院第 一条专门用于自身抗体检测的全自动流水线，日运行通量可达1.5万次。报告时间缩短到0.5至1个工作日，为患者的精 准诊断提供了重要支撑。