王永钧长期从事肾脏病临床及研究，对中医经典和历代名家学术思想颇有研究。
王永钧带领肾内科团队，创建了IgA肾病从虚、瘀、风湿辨治体系，提出IgA肾病五型辨证新方案 。王永钧将中西医融会贯通，总结出了慢性肾病临床演变规律，发展了肾脏病中医辩证理论，提出“风湿致肾病”学说和“肾脏微症积”的肾微观辩证法，完善肾脏病中医微观辨证体系，应用源自中华文化的“象思维”，结合“审病—辨证—治病/证”的临床思维方法，拓展了“四诊”视野 ，在此指导下形成了一套分阶段辩证的方案和系列组方，并在临床、科研与实践中得以运用。
39岁女患者罗某，头昏、腰酸、乏力、泛恶、尿有泡沫七个月，尿蛋白3+，在医院吃了西药加中药，头昏、泛恶明显改善，但余症未减，王永钧辨证证属肾气阴两虚兼风湿扰肾，在西药的基础上，加服复方α-酮酸及复方积雪草Ⅱ号方加减，加服雷公藤多苷片，调理一个月后，血压正常，尿常规阴性。继续服1个月后，去可乐定，雷公藤多苷片服2周停2周，6个月后停服雷公藤多苷片，尿常规持续阴性。随访7年，自觉无不适。
在1986年的时候，王永钧被调到了杭州市中医院上班，在这里他创建了中医肾病专科门诊。王永钧带领着自己的团队，开创了国内中医院多项，比如说个建立肾病实验研究室，个使用肾穿刺活检技术，个开展系统的肾病透析疗法等等。
王永钧还主编编写了多部医学著作，《中医临床肾脏病学》、《中西医结合肾《中医临床内科学》、《肾病门诊》、《肾脏病医护养防》等。