医院技术力量雄厚。拥有重点学科儿科学，国家儿童肿瘤监测中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家中西医协同旗舰医院试点单位等12个平台，8个国家临床重点专科，5个北京市重点实验室，2个北京市级研究平台以及16个市级医疗中心。医院设有疑难罕见病例会诊中心和远程会诊中心，儿科疑难重症疾病的诊断水平居国内地位，是中华医学会儿科学分会、儿外科分会，中国医师协会小儿外科医师分会，中华护理学会儿科专业委员会主任委员单位。
多年来，为方便患者就医，医院始终坚持24小时接诊。医院积极践行公立医院改革，推进预约挂号工作，优化服务流程，改善患者就医体验，受到国家卫生健康委的肯定和广大群众的认可。医院还承担了上级部门委派的重大儿童传染病防治、抗震救灾支援、突发公共卫生事件救治等医疗任务。
科室团队拥有18名医师，1名助理研究员，其中硕士研究生导师1人，副高级以上职称9人，中级职称6人。其中博士后1人，具有博士学位者5人。
团队成员先后承担国家自然科学基金2项，北京市自然科学基金2项，教育部博士点基金1项；1人入选北京市人才青年拔尖计划(高创计划)，1人入选国家外专局培训计划，2人入选北京儿童医院苗圃计划；1人科研成果入选“北京市自然科学基金十二五期间成果选编”。团队成员共发表作者SCI论著多篇，参与编写书籍多部及指南/专家共识多篇。
科室秉承全心全意服务于移植患儿的原则，建立移植病人检查绿色通道，短时间完成检查并开始，精益求精，为患儿得到质的医疗服务和的疗效而不断努力！
目前眼科设有斜弱视、神经眼科、角膜病、眼整形、泪道病、青光眼、白内障、眼底病、眼肿瘤等专业。北京儿童医院及托管医院眼科共有病床49张，年均手术量5700余例，其中内眼手术约1300例，每年接诊来自全国各地的眼病患儿约27.8万人次。在小儿斜弱视、近视、泪道疾病、眼整形、儿童角膜移植、眼肿瘤、眼底病筛查及、视神经疾病、遗传性眼病、青光眼白内障诊治、微创玻璃体切割手术及角膜塑形镜、儿童RGP镜片及特种眼镜验配等方面积累了丰富的经验。