预付款融资通常是基于核心企业的业务进行，核心企业是属于生产型企业，下游采购商给核心企业下订单，需要预支付订单全额，核心企业收到货款后再进行生产。
此时如果采购缺资金情况则无法进行下订单。
在这个基础上，金融机构介入在供应链环节中，提供预付款融资产品。
采购商只需要支付一定比例的保证金，剩余资金由金融机构进行垫付。
在生产完成，货权控制在核心企业手中，采购商在进行提货时，必须先还款给金融机构，金融机构开具放货通知单。
核心企业接收到放货通知单再进行放货。
如果下游采购商违约，则需要由核心协助金融机构处理货物，将货物处置完成后的资金，再还款给金融机构。
预付款融资交易结构（根据金融机构要求会有不同的改动）
预付款融资模式主要是以生产型企业为主，金融机构已经介入到供应链环节中，核心企业协助金融机构完成整个融资流程。
预付账款融资模式：
在核心企业向下游销售的环节，由于其处于强势地位，往往要求较为弱势的下游企业先向自己付款。
再给下游中小企业发货，以避免产生应收款项而无法收回资金的风险。
然而在这种情况下，中小企业在付出货款的同时不能及时收到货，下一步的生产和销售活动无法进行，很容易导致经营困难甚至破产。
而下游中小企业关系到核心企业的销路，一旦受损，核心企业也会失去客户。
并付出巨大的代价重新构建销售渠道，终依然会损害到核心企业自身的利益。
基于此，在销售环节，核心企业可以采用预付账款融资模式，也称“未来货权融资模式”来帮助下游中小企业。
核心企业与下游中小企业签订销售合同，就意味着把商品的控制权转移给了中小企业。
同时核心企业会将商品发往由第三方物流企业监管的仓库。
接着，中小企业就可以凭借这份“货权”向银行贷款，并从仓库中提货进行销售。
将销售回款来还给银行，如果下游中小企业不能还款，则由核心企业将商品回购。
在预付账款融资模式下，核心企业以回购的方式为下游中小企业增信，帮助下游中小分销商、零售商及时提货。
快速进入下一步的经营与生产，维持了自身经营的稳定，进而促进了核心企业下游销售渠道的稳定。
供应链理论将企业的经营看作是一个价值增值的过程，主张上下游企业之间的合作，将竞争战略理论实用化。供应链金融从资金流角度上将供应链节点上的参与主体联系在一起，搭建了新型的战略合作关系。
目前，供应链金融尽管在很大程度上减少了中小企业受信中的道德风险。但是，由于供应链融资中的中小企业自身抗市场风险能力较弱，且供应链金融参与者众多，而且可能涉及不同的产业、技术领域，其运作存在的一些潜在风险不容忽视。